BLUE REFLECTION: Second Light sigue las aventuras de tres estudiantes, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo y Yuki Kinjou. De repente transportadas a una misteriosa academia flotante, deciden buscar pistas para encontrar una manera de regresar a casa. Sin ningún recuerdo, solo recuerdan su nombre. Un día descubren un camino hacia un nuevo mundo, pero cuando intentan desentrañar el misterio, son inmediatamente atacadas por una horda de monstruos sanguinarios. Al enfrentarse a estas malvadas criaturas, desbloquean poderes desconocidos hasta ahora, lo que solo aumenta el carácter enigmático de su entorno.